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九州街站
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九州街站位于杭州市临安区境内，为16号线终点站，位于九州街与双拥路交叉口，周边建筑以教育科研、公交枢纽、办公商业及居住性质为主。车站为地下车站，分为站厅层，站台层，地下一层是站厅层，地下二层是站台层。
站台为岛式站台，有效长80米，站台宽约12.6米。车站共设有5个出入口，A口、C1口、C2口、D口、E口。
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临安广场站
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临安广场站位于杭州市临安区境内，位于万马路和城中街丁字交叉口，16号线临安广场站主体沿万马路呈南北走向布置。
周边建筑以行政办公、商业及居住性质为主。临安广场站为地下站，分为站厅、站台两层，地下一层是站厅层、地下二层是站台层。站台为岛式站台
，有效长80米，站台宽约12.5 米。车站共设有5个出入口，分别为A口、E口、B1口、D口、B2口。
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农林大学站
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农林大学站位于杭州市临安区境内，车站位于苕溪北街、武肃街、科技大道、望湖路交叉口,农林大学站为地下站，分为站厅层、站台层，地下一层是站厅层、地下二层是站台层。站台为岛式站台，车站站台有效长度80米，站台宽约12.06米。车站共设有4个出入口，分别为 A口、B口、C口、D口。
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青山湖站
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青山湖站位于杭州市临安区境内，位于科技大道与平湖路交叉口西南侧，距离临安新开建的市民之家400米左右，为16号线中间地下车站,16号线青山湖站主体沿科技大道呈东西走向布置。周边建筑以教育科研、工业厂房、办公商业为主。车站为地下站，岛式站台，分为站厅层、站台层， 地下一层 是站厅层、 地下二层是站台层。站台为 岛式 ，有效长80米，站台宽约 15.6 米。车站共设有 4 个出入口，目前开通3个出入口，分别为B口、C口、D口，A口因节能关闭。
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八百里站
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八百里站位于杭州市临安区境内，位于科技大道与八百里路交叉路口东侧，八百里自然村范围内，沿科技大道东西向分布，周边规划以旅游服务配套、居住配套用地为主。车站为高架三层岛式车站，分为地面层、站厅层、站台层，地上一层是地面层，地上二层是站厅层、地上三层是站台层。站台为路中高架三层岛式，有效长80米，站台宽约12米。车站共设有5个出入口，分别为A口、B口、C1口、C2口、D口。
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青山湖科技城站
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青山湖科技城站位于杭州市临安区境内，位于科技大道和星港路交叉口，车站主体沿科技大道呈东西向布置。周边建筑以教育科研、工业厂房、办公商业及居住性质为主,规划站点周边仍以教育科研、行政办公、居住用地为主,其中站点西侧用于居住及商业用地开发，站点东侧用于教育科研用地。车站为高架三层岛式站台车站，分为站厅层、站台层与地面层，地上一层是地面架空层、地上二层是站厅层、地上三层是站台层。站台为岛式站台，有效长80米，站台宽约12米。车站共设有4个出入口。
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南峰站
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南峰站位于杭州市余杭区境内，位于329国道北侧的南峰村附近，329国道与舟南线交叉口东北侧地块内,16号线南峰站沿329国道呈东西走向布置。周边现状多为农田，有少量的民房，车站周边规划以商业、智慧产业用地为主。南峰站为高架两层岛式车站,分为地上一层站厅层、地上二层站台层。站台为岛式站台，有效长80米，站台宽12米。车站共设有2个出入口，分别为A口、B口。
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南湖站
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南湖站位于杭州市余杭区境内，位于329国道和滨湖西路交叉口，平行329国道与Y02中泰交叉口东北侧地块内，临近南湖。车站周边现状多为农田,国道对面地块有兴甬复合材料有限公司、杭州南湖塑料制品厂等，周边规划以居住、商业、商住用地为主。车站为高架两层岛式车站，分为站厅层、地上二层站台层，地上一层是站厅层、地上二层是站台层。站台为岛式，有效长80米，站台宽约12米。车站共设有2个出入口，分别为A口、B口。
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中泰站
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中泰站位于杭州市余杭区境内，位于S102省道与杭泰路交叉口，平行S102省道东西布置。周边建筑以教育科研、工业厂房、办公商业及居住性质为主,规划站点周边仍以教育科研、行政办公、居住用地为主,其中站点西侧及南侧用于居住及教育科研，站点东侧及北侧用于工业厂房。车站为地下两层岛式车站，分为站厅层、地下二层站台层，地下一层是站厅层、地下二层是站台层。站台为地下两层岛式站台,有效长80米，站台宽约12米。车站共设有6个出入口，分别为A口、B口、C口、D口、E1口、E2口。
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禹航路站
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禹航路站位于杭州市余杭区境内，位于S102省道与城东路交叉口,16号线禹航路站主体平行S102省道东西向布置，临近禹航路。周边建筑以教育科研、工业厂房、办公商业及居住性质为主。车站为地下二层岛式车站，分为站厅、站台两层，地下一层是站厅层、地下二层是站台层。站台为岛式站台，有效长80米，站台宽约12.6米。车站共设有4个出入口，分别为A口、B口、D1口、D2口。
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凤新路站
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凤新路站位于杭州市 余杭 境内，位于凤新路与东西大道交叉路口，沿东西大道南北走向布置。周边建筑以教育科研、办公商业及居住性质为主,规划站点周边仍以教育科研、居住用地为主,其中站点东侧为青枫墅园小区，站点西侧用于规划商业用地，南侧为广瑞瑞城花园、瑞城温莎郡、复地上城小区，南侧用于规划商业用地。车站为地下两层岛式车站,分为站厅、站台两层， 地下一层是站厅层、 地下二层是站台层。站台为 岛式站台 ，有效长 80 米，站台宽约 12 米。车站共设有4 个出入口，分别为A口、B口、C口、D口。
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绿汀路站
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绿汀路站位于杭州市余杭区境内，位于绿汀路和水乡北路丁字交叉口，为16号线与地铁3、5号线的换乘车站, 车站为地下三层双岛叠侧车站, 16号线与3号线同台换乘，与5号线结点换乘，3号线、5号线、16号线绿汀路站主体沿水乡北路呈东西走向布置。
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